El Santo Oficio cumplió, a lo largo de la época colonial, el papel que le fue asignado por la corona española. Su poderío moral y económico creció de manera insospechada, así lo podemos constatar en uno de los casos que se dieron en nuestra ciudad de Zamora en los años de 1822 y 1824; con una de las familias de mayor prosapia de la segunda década del siglo XIX.
Los sucesos del año de 1821, que culminaron en el mes de septiembre con la declaración de independencia del Imperio Mexicano, no implicaron una censura absoluta con los procedimientos que, en el plano administrativo, habían privado durante los tres siglos de dominación española. Por el contrario, un número considerable de las prácticas presentes en las diversas instancias del gobierno virreinal pervivieron, al menos, durante la primera mitad del siglo XIX, debido principalmente a la falta de una burocracia nueva que realizara sus actividades de acuerdo con las necesidades que la cambiante realidad de la nueva nación iba presentando.
Un ejemplo claro de lo anterior se presentó en el caso de la administración de los bienes del extinto Tribunal del Santo Oficio de la Ciudad de México. A pesar de que durante buena parte de su existencia la Inquisición había operado con un cuantioso excedente monetario, el cual le permitió sufragar satisfactoriamente sus gastos operativos, realizar inversiones en censos y adquisiciones de inmuebles para su renta, e incluso enviar regularmente fuertes sumas a la península, diversas situaciones extraordinarias ocurridas a principios del siglo XIX habrían de trastornar la marcha de sus asuntos financieros, lo que se reflejaría en una considerable disminución de sus ingresos. De esta manera, al finalizar las actividades del Tribunal en 1820 e independizarse la Nueva España al año siguiente, los encargados de administrar su hacienda encontraron que, además de no conocer a cabalidad los mecanismos que daban origen a los recursos inquisitoriales, la propia cadena de recaudación de ingresos se había fracturado por muy variadas razones. De esta manera, el dinero dejaría de fluir a las arcas de la institución y los gastos comenzarían a sobrepasar a los ingresos, aumentando cada vez más el déficit de la institución y orillando al gobierno federal a ordenar la liquidación conjunta de sus bienes. (Alfredo Ruiz Islas)
Notas al estado de los bienes pertenecientes al fisco de la estinguida inquisición de México, y una corta esposicion de su contador sobre esté asunto; formado todo de orden suprema en 14 de mayo de 1829.
En cumplimiento de superiores órdenes de 26 de setiembre de 822. 26 de abril y 30 de junio de 824, se pasaron al ministerio de hacienda los autos correspondientes á la casa de los Moras en Zamora: tratando de embargarlos el juez de letras de aquella jurisdicción por los créditos fiscales, ocurrió el apoderado de dicha casa á esta comisaría ofreciendo pagar la cantidad que liquidada por esta contaduría, resultara contra dicha casa, y que esta liquidación fuera con sujeción á la suprema orden de 27 de diciembre de 823, por la que se manda solo se cobrara á los capitalistas de inquisición lo vencido desde 27 de setiembre de 82l en adelante. — Admitida esta oferta con la precisa condición de que había que hacer efectivo el pago prometido, se le previno hiciera inmediatamente los enteros correspondientes hasta cubrir la cantidad liquidada por esta oficina. Tan luego como lo verificó entabló una empeñosa competencia el juzgado de letras de Zamora con esta comisaría; mas habiendo fallado la superioridad en favor de esta, á virtud de lo informado por esta oficina, ofició la misma superioridad á la comisaría de Valladolid para que absteniéndose el juzgado respectivo de toda gestión en este asunto, se hiciera saber al referido apoderado continuara sus pagos en estos fondos, así por el adeudo atrasado, como por lo que en lo sucesivo se venciese; lo que á la letra ha ejecutado, quedando solo debiendo el último anual de réditos cumplido en 27 del anterior enero con respecto á los vencidos desde 821 en adelante. Siendo de advertir que la deuda que se le fija en el estado, es por su total débito, y que á mas del reconocimiento que tiene á favor del fisco de inquisición, añaden el correspondiente á los capitales de S. Pedro mártir y Vergara, por los que deben hasta 30 de octubre de 828 la cantidad de cinco mil ciento setenta y ocho pesos cuatro reales cuatro granos. (Recopilación de leyes, decretos, bandos, reglamentos, circulares y providencias de los supremos poderes y otras autoridades de la república mejicana; formada por Basilio José Arrillaga. México, Imprenta de J. M. Fernández de Lara. 1838. p.p. 115-118)